Školní rok 1990/1991
Vyučování bylo zahájeno v pondělí 3. září 1990 dopoledne v učebnách jednotlivých tříd ve druhém poschodí budovy na Veveří 15. Studenti se seznámili se svými třídními učiteli, byly jim vydány učebnice a obdrželi také rozvrh hodin. Odpoledne téhož dne se v kapli gymnázia v prvním poschodí konala pontifikální mše svatá, kterou sloužil Otec biskup Vojtěch Cikrle. Této mše svaté se vedle učitelů, studentů a jejich rodičů zúčastnili i oficiální hosté – zástupci odboru školství Jihomoravského krajského národního výboru. Po mši svaté si Otec biskup v doprovodu ředitele gymnázia PhDr. Petra Hrušky prohlédl celou školní budovu. Následující den, v úterý 4. září, byla zahájena pravidelná výuka. Učilo se převážně ve druhém poschodí, kde bylo umístěno všech šest tříd, které gymnázium v této době tvořily.
Pocit jednoho společenství posilovaly i společné obědy všech učitelů i žáků, neboť se v jednu dobu vešli do školní jídelny všichni.
Po složitých a vyčerpávajících jednáních se Stavební fakultou VUT bylo v květnu 1991 dosaženo dohody o uvolnění původní budovy gymnázia na Barvičově ulici, takže nás všechny čekalo o prázdninách velké stěhování.
Školní rok 1991/1992
O prázdninách (na počátku srpna 1991) se konala pro současné i nové učitele čtyřdenní duchovní cvičení na Vranově, která vedl P. Josef Koláček SJ, vedoucí české sekce Vatikánského rozhlasu. Ihned po návratu z Vranova vypuklo stěhování a dokončování nutných oprav v budově na Barvičově ulici, kterým učitelé i studenti (dřívější i noví) věnovali převážnou část měsíce srpna. Do začátku školního roku se podařilo zprovoznit přízemí, třetí a čtvrté podlaží. Úpravy druhého podlaží se protáhly hluboko do měsíce září. Ředitelství sídlilo provizorně pod dnešním oddělením výtvarné výchovy, jako sborovna sloužila dnešní učebna č. 331, v přízemí bočního traktu (dnes oddělení románských jazyků a němčiny) sídlil ještě děkanát Stavební fakulty VUT.
V druhé polovině května 1992 se konaly poprvé v dějinách Biskupského gymnázia (včetně původního, poválečného) maturitní zkoušky. Bylo to v dnešní učebně 238, předsedou maturitní komise byl Mons. František Koutný, rektor Teologického konviktu v Litoměřicích. Maturitní zkoušky konala většina studentů teologicky zaměřených tříd. Všichni tyto zkoušky úspěšně složili.
Školní rok 1994/1995
V dubnu 1995, ihned po písemných maturitních zkouškách, prováděla Česká školní inspekce dvoudenní testování žáků 4. ročníku z většiny vyučovacích předmětů. Testování se uskutečnilo ve třídě 4.B a dopadlo velmi úspěšně: třída se umístila na 4. místě v republice. Velice zdařilé bylo v pátek 19. května 1995 „poslední zvonění“. Netradičně a velmi nápaditě ho připravila třída 4.C: bylo to „Monstrózní theatrum Parva mitella“ v latinském jazyce se simultánním tlumočením do českého jazyka v duchu studentských překladů. Představení se uskutečnilo o velké přestávce v aule a mělo obrovský úspěch. Bude někdy překonáno?
Školní rok 1998/1999
Novinkou bylo uspořádání tzv. Akademického tridua v dubnu 1999. Byly to tři dny přednášek pozvaných vysokoškolských učitelů. Přednášky byly určeny pro nejvyšší dva ročníky gymnázia. Celou akci připravili učitelé Karel Mikula a Kateřina Srnská. Vznikla tak nová tradice v historii školy.
Školní rok 2000/2001
Ve dnech 25. – 29. září 2000 uspořádala třída oktáva A výstup na Mt. Everest. Studenti ve vysokohorském vybavení vystoupali schodiště v budově tolikrát, aby to odpovídalo výšce nejvyšší hory světa. Tábořili a nocovali na odpočívadlech v jednotlivých patrech. Na konci výstupu vztyčili na střeše budovy vlajku. Akce měla širokou publicitu: reportáž zde natočila Česká televize, psalo se o ní v denním tisku (MF Dnes).
Školní rok 2002/2003
Školní rok začal ve znamení velkých povodní, které v polovině srpna 2002 postihly území jižních a severozápadních Čech i hlavního města Prahy. Moravě se díky Bohu tato pohroma vyhnula. Co se nám však nevyhnulo, byla nesmírně silná vichřice, která se přehnala přes území celého státu v noci z 27. na 28. října 2002. A právě v této větrné noci tragicky zahynul pod koly vlaku u Vranovic student třídy 3.B Michal Ventruba. Bezprostřední příčina této tragédie nebyla zjištěna.
Devětadvacátého ledna 2003 se konal v pořadí druhý Den otevřených dveří pro zájemce o studium na našem gymnáziu a pro jejich rodiče. A zrovna v době největší koncentrace návštěv vyrobili žáci v rámci cvičení z chemie v laboratoři silně páchnoucí plyn, který se rychle rozšířil po celé budově školy…
Ve dnech 19. – 21. února 2003 bylo vyhlášeno ředitelské volno kvůli zvýšenému počtu onemocnění chřipkou.
Školní rok 2004/2005
Novinkou v životě gymnázia se staly besedy s významnými osobnostmi církevního, veřejného a kulturního života. Jako příklad lze uvést besedu s P. Tomášem Hofmanem, vojenským kaplanem působícím s našimi vojáky v Iráku, dále s paní Olgou Kopeckou-Valeskou, bývalou ředitelkou české sekce Rádia Svobodná Evropa, a s polským jezuitou P. Jozefem Augustynem.
Na závěr školního roku se konalo celostátní kolo Olympiády v českém jazyce. Naši školu v této soutěži velmi úspěšně reprezentovala žákyně Soňa Niedermayerová z kvarty B, která zvítězila v městském i krajském kole. V celostátní soutěži skončila na 8. místě.
Školní rok 2005/2006
V průběhu školního roku nastala významná změna v úrovni duchovního života na škole. Rozhodující podíl na tomto kvantitativním i kvalitativním zlepšení měli vedle nového sprituála P. Pavla Konzbula i studenti Josef Valenta a Vojtěch Jurásek. Pravidelnou se stala společná modlitba Anděl Páně vždy po 4. vyučovací hodině v kapli, krátká duchovní cvičení i mimo školu a v neposlední řadě i ustavení Malé scholy gregoriánského chorálu, která účinkovala při slavnostních mších svatých v latinském jazyce. Tuto scholu tvořili studenti Josef Valenta, Vojtěch Jurásek, Vít Pospíchal a profesoři Michal Javora, Vladimír Krátký a Martin Doležel.
Školní rok 2006/2007
V roce 2007 si brněnská diecéze připomínala 230. výročí svého založení. V diecézní soutěži k tomuto výročí zvítězila žákyně Monika Štětková z primy A. Student Martin Frodl ze septimy A se probojoval do mezinárodního kola Biologické olympiády, které se uskutečnilo v Kanadě.
Školní rok 2007/2008
Na konci listopadu 2007 byl jmenován ministrem školství Ondřej Liška, absolvent našeho gymnázia v roce 1995. V únoru 1998 navštívil naše gymnázium a zúčastnil se zde jednání ředitelů církevních škol. Další kvantitativní i kvalitativní růst zaznamenala školní studentská Schola, doprovázející pondělní mše svaté v aule. Jejího vedení se ujala Dana Žižkovská se septimy A. Schola několikrát vystoupila v různých brněnských kostelích a na konci školního roku vydala své vlastní CD.
Výuka sluchově a zrakově postižených žáků
V letech 1992 – 2003 bylo na gymnáziu zřízeno studium pro žáky s poruchou sluchu. Organizaci tohoto studia měl na starosti Mgr. Jan Ferdinand. Studium bylo pětileté (první rok byl přípravný), výuka byla od 2. ročníku z poloviny v samostatných třídách, z poloviny integrovaná v běžných třídách. Na straně učitelů i žáků se po celou dobu projevovala snaha o co nejlepší výsledky i přes počáteční minimum zkušeností s takovým typem výuky. Studenti řádně vykonali maturitní zkoušky a většina z nich vystudovala také vysokou školu. Celkem prošlo tímto typem studia 14 žáků.
Ve stejnou dobu studovali na gymnáziu také žáci se zrakovým postižením, kteří však byli plně zařazeni do běžných tříd a za pomoci svých spolužáků a moderní informační techniky zvládli i oni studium bez jakýchkoliv potíží a bez problémů vystudovali vysoké školy.
